El 29 de julio de 1581, Fray Diego Núñez del Rosario, hace entrega de la patente de institución canónica de la Cofradía de Ntra. Sra. del Rosario, con arreglo a las normas y bula que en ella se recogen.
A raíz de la inundación del pueblo de Santiponce en el año 1603, la Hermandad y la Parroquia pasan a residir en el Monasterio de San Isidoro del Campo.
En Abril de 1939 la Stma. Virgen del Rosario, acompañada fundamentalmente por las mujeres del pueblo, es llevada en procesión extraordinaria a las puertas del Conjunto Arqueológico de Itálica, lugar donde comenzaron los primeros enfrentamientos armados en Santiponce, en acción de gracias por la finalización de esta cruenta guerra.
En el año 1955, tras la llegada al pueblo de Santiponce de un nuevo Párroco, D. Amador Menudo Sivianes, se instituye y organiza una Romería popular con la Sagrada Imagen de NTRA. SRA. DEL ROSARIO que, con tal motivo, es llevada sobre carreta de bueyes a la finca del Cortijo de Espinosa, en cuya explanada interior se celebraba una Misa de Romeros en la que llamaba poderosamente la atención la cantidad de fieles que se acercaban a recibir los sacramentos del perdón y de la comunión, que eran impartidos por varios sacerdotes venidos ex profeso para poder atender a la gran cantidad de fieles que, de forma multitudinaria, vecinos de la población y otros muchos llegados de todos los alrededores, participaban en los actos religiosos llevados a cabo con motivo de esta Romería. Aquel primer año la prolífica comitiva que acompañaba a la Stma. Virgen estuvo compuesta por veintisiete carretas de bueyes, adornadas al estilo de la época, y un gran número de jinetes a caballo.
En 1961, la Romería se celebró en la «Venta».
La improvisada capilla se instaló en el zaguán de una casa particular, realizándose el dia de convivencia en el antiguo eucaliptal que existía en los alrrededores de la Itálica.
La Stma. Virgen del Rosario, se convierte en Patrona de Santiponce y a mediados del siglo XX, en el año 1958, residiendo su Hermandad en la actual Parroquia de San Isidoro del Campo, se fusiona con otra existente en la localidad. Hermandad cuyo Sagrado titular es un Nazareno con gran devoción en Santiponce. Es aprobada canónicamente con el título de HERMANDAD Y COFRADÍA DE NUESTRO PADRE JESÚS NAZARENO Y NUESTRA SEÑORA DEL ROSARIO, ejerciendo sus funciones como tal hasta el año 1965.
En este periodo la Sagrada Imagen de Ntra. Sra. del Rosario, procesiona anualmente en tres ocasiones, el Viernes Santo de madrugada, junto a Nuestro Padre Jesús Nazareno, como Madre Dolorosa; en el mes de Mayo en una Romería de carácter popular y en su tradicional procesión de gloria del mes de Octubre.
El 29 de Octubre de 1955, se nombra al Excmo. y Rvdmo. Sr. Arzobispo de Sevilla, Doctor D. José María Bueno Monreal, Hermano Mayor Honorario de la Cofradía.
A comienzos de los años sesenta, debido a causas ajenas, se viven momentos difíciles para la Hermandad y durante varios años la inactividad frena el desarrollo de la Cofradia, cayendo en una cierta postración.
En el año 1979, tras este paréntesis de letargo en el que sólo se mantuvo la salida procesional de gloria que la Stma. Virgen del Rosario realizaba en el mes de Octubre, un grupo de jóvenes devotos, acompañados de antiguos hermanos que aún quedaban, poniendo de manifiesto su fe, abnegación y desvelos, consiguen reorganizar las funciones de la Corporación recibiendo, tras varios años de esperanzado trabajo y dedicación, nueva aprobación canónica, con arreglo a las nuevas normas diocesanas en vigor, el día 16 de Diciembre de 1988, con el mismo título anterior de HERMANDAD Y COFRADÍA DE NUESTRO PADRE JESÚS NAZARENO Y NUESTRA SEÑORA DEL ROSARIO.
En Mayo de 1979, será la realización de una multitudinaria Romería, celebrada en honor de la Divina Pastora de las Almas en los alrededores de la población, el punto de partida para retomar toda esta actividad cofrade, al tiempo que, por fallecimiento de sus componentes y debido a la inactividad de la misma, la Cofradía reorganiza y asume las funciones de la Hermandad Sacramental.
Con este motivo y en Cabildo General de Hermanos, celebrado en Enero de 1.990, con el visto bueno del Sr. Cura Párroco, se aprueba la modificación e inclusión en las Reglas de la Cofradía de aquellos títulos y normas afectadas por la incorporación de la Divina Pastora de las Almas y las funciones de Hermandad Sacramental, recibiendo aprobación eclesiástica de estas modificaciones el 29 de enero de 1992.
El día 30 de septiembre de 1983, por acuerdo plenario de la Corporación Municipal, en virtud de lo dispuesto por la Ordenanza de Honores y Distinciones del Excelentísimo Ayuntamiento de Santiponce, se concede a la Stma. Virgen la distinción de Alcaldesa Perpetua de la localidad.
Este hecho se hace patente a través de la entrega de la reproducción en oro del Escudo Heráldico e insignia de Alcaldesa de la población, a NTRA. SRA. DEL ROSARIO, en una celebración eucarística llevada a cabo públicamente, en la Pza. de Itálica, con la participación de todo el pueblo, el día 7 de Octubre de 1983, festividad de Ntra. Sra. del Rosario.
Tras muchos años de espera, por fin se ve realizado el sueño de sus hermanos de poseer una casa de Hermandad, siendo el 28 de Febrero de 1988 cuando, tras las obras realizadas en un inmueble adquirido en la Calle Las Musas nº 29, próximo al Templo Parroquial, son bendecidas las nuevas dependencias donde se instalan sus Oficinas, Salón de Juntas, Sala de Exposiciones y almacenes.
El día 16 de Febrero de 1991, tras una original idea surgida en la Junta de Gobierno de la Hermandad, la Cofradía organiza y lleva a cabo el I VIA-CRUCIS DE LAS HERMANDADES DE PENITENCIA DEL ALJARAFE sevillano en las Ruinas Romanas de Itálica, con la participación de un nutrido grupo de Corporaciones Cofrades de todo el entorno aljarafeño y con la idea fija de, en lo sucesivo, repetir este piadoso acto cada sábado después de Ceniza. Un año antes se celebró el primer Vía Crucis donde sólo participo nuestra Hermandad.
El día 1 de Mayo de 1991, en Cabildo Extraordinario, dada la vinculación que a través de los siglos tuvo y tiene esta Hermandad con el Monasterio de San Isidoro del Campo, así como la especial dedicación y desvelos mostrados en todo momento por los patronos del cenobio, se otorga a sus actuales representantes, NN.HH. Dª María del Rosario Mencos Armero y D. Alberto Alvarez de Toledo y Mencos, la distinción de Hermanos Predilectos de la Hermandad.
Asimismo el 27 de Octubre de este mismo año, en Cabildo Extraordinario de Oficiales, se nombran Hermanos Mayores Honorarios a SS. MM. los Reyes de España, D. Juan Carlos de Borbón y Borbón y Dª Sofía de Grecia y Hasburgo, quienes otorgan su favor a la Hermandad el día 7 de Noviembre de 1991.
En el verano de año 1998, se llevó a cabo una importante actuación en la imagen de Nuestro Padre Jesús Nazareno. Tras un estudio radiológico realizado sobre la imagen en las instalaciones de la Cruz Roja de Triana, se procedió a la limpieza y eliminación de clavos y ensambles que estrabandañando a la imagen además de la ustitución de la peana que se encontraba bastante deteriorada. Estos trabajos se llevarón a cabo en el taller de D. Antonio J. Dubé de Luque, en la vecina localidad de Gerena.
El 20 de octubre del año 2001 el VIA-CRUCIS DE LAS HERMANDADES DE PENITENCIA DEL ALJARAFE es declarado a «Acto de Interes Turístico Nacional de Andalucía» por la Consejería de Turismo de la junta de Andalucía.
Motivo de especial significado y expresión de fe constituyó el acto de homenaje ofrecido a la Stma. Virgen del Rosario, en su condición de Madre y Patrona Excelsa de Santiponce, por los hijos del pueblo y personas con arraigo, pertenecientes a los Cuerpos de Seguridad del Estado de la Guardia Civil y la Policía Nacional, celebrado el día 11 de Octubre de 2003, en el Templo Parroquial de San Isidoro del Campo. En el mismo, en agradecimiento por su protección y amparo, estos hijos que a lo largo de los últimos años han estado y están velando por la convivencia en nuestra sociedad actual, realizando labores de carácter civil y social, en el transcurso de la Eucaristía celebrada con este motivo, ofrendaron a la Stma. Virgen a la que tantas veces se han encomendado, un broche con las insignias de ambos Cuerpos en recuerdo de este emotivo acto.
El 15 de mayo de 2004, la Divina Pastora de las Almas, Protectora de Nuestra Juventud, en salida extraordinaria, celebrada con motivo de los 25 años de la reorganización de la Hermandad, siendo dicha imagen la impulsora de dicha éfeméride, visitó por primera vez la Capilla de la Real Hermandad del Rocío de Santiponce, siendo tambien la primera vez que de forma oficial lo hacia esta Hermandad. La Pastora una vez más abrió el camino.
El 26 de enero de 2006, son aprobadas, por D. Teodoro Muóz León, Delegado Episcopal, las últimas Reglas conforme a la legislación Canónica Universal y a las nuevas normas de la Archidiócesis de Sevilla.
15 de Octubre de 2006, S.E.R. Cardenal de Sevilla, Fray Carlos Amigo Vallejo, anunció la Coronación Canónica de nuestra Señora del Rosario, el día de la Función Principal.
En la mañana del domingo 25 de noviembre de 2007, enmarcado dentro de los actos celebrados con motivo de la Coronación Canónica, la Santísima Virgen del Rosario, visitó por primera vez, la Capilla de la Hermandad del Rocío de Santiponce. Allí permaneció durante una semana llevándose a cabo la vuelta el 2 de diciembre.
El 8 de junio de 2008, en la Plaza de la Constitución, y de manos del Excmo. y Rvdmo. Cardenal Arzobispo de Sevilla, Fray Carlos Amigo Vallejo, la Santísima Virgen del Rosario Fue Coronada Canónicamente por el Amor y la Devoción del pueblo de Santiponce.